Γεννήθηκε τον Νοεμβριο του 1947 στο χωριό Ζαρος του Νομού Ηρακλείου. Πατέρας του o Γεώργιος Καρπουζάκης και μητέρα του η Πελαγία Καρπουτζάκη-Σαλούστρου.
Από πολύ μικρός είχε πάθος για την λύρα και τη μουσική .Τα πρώτα του ακούσματα ήταν από τους λυράρηδες και λαουτιέρηδες του χωριού του.Όταν πήγαινε στην πρώτη δημοτικού σε ηλικία 7 χρονών ο πατέρας του του έφτιαξε μια μικρή λύρα και ένα δοξάρι από τρίχες αλόγου και έτσι ξεκίνησε το υπέροχο μαγικό ταξίδι του Μανόλη Καρπουζακη με την Κρητική μουσική. Στα πρώτα βήματα του είχε βοηθό το δάσκαλο του σχολείου του που στα διαλείμματα του έκανε μαθήματα γιατί έβλεπε τη φωτιά που έκαιγε μέσα του για την μουσική και την λύρα.Ο αδερφός του Γιάννης του αγόρασε όταν ήταν 10 χρονών την λεγόμενη βροντόλυρα που είναι η γνήσια Μεσσαρίτικη λύρα με τέσσερις χορδές .Ο Μανόλης Καρπουζάκης είναι από τους λίγους λυράρηδες που ξέρουν να παίζουν και με τρίχορδη και με τετράχορδη λύρα. Στα γλέντια συνήθιζε να παίζει με βιολόλυρα (και είναι αυτοδίδακτος). Εκτός από λύρα ήξερε να παίζει λαούτο-μπουζούκι-κιθάρα-χαμπιόλι-μαντολίνο και τουμπερλέκι.
Το πρώτο γλέντι που έπαιξε ήταν στο χωριό Λούρες στο Νομό Ηρακλείου με λαουτιέρη τον Γιάννη Αποστολάκη. Με τα χρήματα που πήρε τότε έραψε το πρώτο του κουστούμι.
Ήταν σπουδαίος δάσκαλος της λύρας αν και αυτοδίδακτος , χωρίς πανεπιστημιακή μουσική παιδεία, δίδασκε με ευκολία την τέχνη του δοξαριού και της λύρας .Είχε δημιουργήσει μάλιστα ένα δικό του πεντάγραμμο και δίδασκε με μοναδικό και κατανοητό τρόπο τα πατήματα της λύρας και του μαντολίνου.
Ήταν παντρεμένος με την Ελένη Μπαμπιωνιτάκη Φιτσάκη από το Πετροκεφάλι της Μεσσαράς.
Ήταν επίσης από τα ιδρυτικά μέλη του Παγκρητίου Συλλόγου Καλλιτεχνών Κρητικής Μουσικής όπου και διατέλεσε αντιπρόεδρος τα έτη 1994 έως 1997.
Πέθανε στις 6 Ιουλιου 2011 σε ηλικία 64 χρονών .